互聯網IDC圈6月16日報道,基因數據共享(GDC)項目,是一個可以增進科研人員之間分享基因組和臨床數據的統一的數據系統,該項目美國副總統Joe Biden訪問芝加哥大學運營中心時候開始著手建立的。在美國國立癌癥研究院(NCI)的倡導下,GDC將會成為國立癌癥研究院和奧巴馬總體提出的關于精準醫療倡議(PMI)的核心組成部分。GDC將會從分配給NCI的7千萬美元資金當中獲得研發基金支持,NCI將會致力于癌癥基因組學的研究,這也是為腫瘤學研究所建立的PMI項目中最為關鍵的一步。GDC項目的建立就是為了讓NCI的癌癥基因組圖譜(TCGA)這樣的大規模研究項目中所獲得的數據進行集中化管理,并將這些數據進行標準化建設,同時讓更多科研人員可以獲得并使用數據。
Biden Designates NCI’s Genomic Data Commons As “Foundational Element” of Cancer Moonshot
TCGA和TARGET代表著當今世界上大且綜合性最強的癌癥基因組學數據庫,這些數據庫容量超過2千萬億字節(1千萬億字節等同于223,000張DVD光盤的儲存能力)。同時GDC也會為全世界有志于分享個人科研數據的研究人員設立了癌癥基因組學和臨床數據的提交入口。這種做法,可以讓研究人員能夠使用GDC最先進的分析技術,并可以將個人的研究成果與GDC當中的其他數據進行比對。
GDC中的數據代表了成千上萬名癌癥患者和腫瘤的信息,使用標準化的算法可以對這些數據進行統一處理,這樣就可以讓數據得到任何一名癌癥研究人員的使用。當計算方式和基因組注釋改進的同時,GDC中的原始基因組數據可以實現重新分析的功能。值得我們關注的是,在這個注重個人數據隱私和授權獲取數據使用權限的年代,GDC在數據的儲存和下載方面建立了相當嚴苛的安防機制。
“有了GDC,NCI已經開始承擔長期維護癌癥基因組學數據及為科研人員提供免費使用入口的責任,”NCI的代理主任,醫學博士Douglas Lowy說。“隨著時間的推移,來自更多的癌癥患者的數據將會不斷增強GDC數據對于病情研究的解釋能力,最后,GDC將會加速我們精準醫療的進展。”
GDC項目目前正在建設,并由芝加哥大學數據密集型科學中心管理,并與加拿大安大略癌癥研究所合作。
“特別重要的是,GDC也將會儲存NCI新的臨床試驗患者基因測序數據,”NCI的 Louis M. Staudt,醫學博士說。“這些數據庫可以幫助我們更好理解到底哪種診療方式會更適合我們的癌癥患者。當更新的數據和研究成果加進來的時候,GDC將會變得更加智能,更加完善,會促進我們獲得有關癌癥研究的更多發現,提高癌癥患者治療的成功幾率。”
對GDC,人們寄予很高的期望,因為GDC將會從根本上成為癌癥研究和治療的綜合知識系統。GDC科研人員可以把基因和臨床數據(比如郭癌癥掃描圖像和組織切片數據)與腫瘤的分子輪廓分析以及治療反應整合。