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DNA甲基化作為表觀遺傳的一種重要標(biāo)記，在基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮重要作用，已有研究表明，位于啟動(dòng)子區(qū)的甲基化會(huì)抑制基因表達(dá)。結(jié)合甲基化數(shù)據(jù)和基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)，可以更好的分析甲基化的調(diào)控功能。

通過(guò)TCGAbiolinks不僅僅可以對(duì)某種類型的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，還可以進(jìn)行多組學(xué)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析，DNA甲基化和基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析過(guò)程如下

1. 甲基化芯片數(shù)據(jù)

以腎上腺皮質(zhì)癌為例，首先從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載450K甲基化芯片的數(shù)據(jù)，分析后得到差異甲基化位點(diǎn)

差異甲基化位點(diǎn)的火山圖結(jié)果如下

2. 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)

首先下載數(shù)據(jù)

然后進(jìn)行差異分析，代碼如下

差異基因火山圖的繪制代碼如下

效果圖如下所示

3. 聯(lián)合分析

starburst plot是聯(lián)合分析最常用的可視化方法，代碼如下

生成的效果圖如下

這里采用了差異分析的FDR值來(lái)繪制圖片，其他文章中也有采用fold change來(lái)繪制該圖的，因?yàn)楦鶕?jù)fold change的大小更好判斷差異表達(dá)的趨勢(shì)，根據(jù)FDR值只能判斷是否顯著差異。

在DNA甲基化和基因表達(dá)譜的聯(lián)合分析中，鑒于DNA甲基化抑制基因表達(dá)的思想，通常關(guān)注二者間為負(fù)相關(guān)的位點(diǎn)，即甲基化下調(diào)而基因上調(diào)，甲基化下調(diào)基因上調(diào)的相關(guān)位點(diǎn)。在上圖中，顯著差異且存在負(fù)相關(guān)的位點(diǎn)用圓圈進(jìn)行了標(biāo)注。

通過(guò)TCGAbiolinks可以輕松實(shí)現(xiàn)DNA甲基化和基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析，美中不足的是它的starburst plot沒(méi)有采用常用的fold change來(lái)繪制。

到此，相信大家對(duì)“如何使用TCGAbiolinks進(jìn)行甲基化和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的聯(lián)合”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

當(dāng)前名稱：如何使用TCGAbiolinks進(jìn)行甲基化和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的聯(lián)合
標(biāo)題來(lái)源：http://m.jcarcd.cn/article/jcephi.html