如何使用R語言ggplot2畫散點圖，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

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今天要模仿的圖片來自于論文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

 

重復的圖片是Figure2中的散點圖

 

 

這個圖看起來有些像折線圖，是因為散點太密集了

 第一步是準備數據

數據總共三列，一列x，一列y，還有一列是文字標簽，想給哪個點添加文字標簽，對應就在這一行寫上文字標簽的內容，不想添加就是空白

需要示例數據的可以直接留言，覺得本期推文還有幫助的話可以轉發支持呀！

數據格式部分截圖

 讀入數據

這里介紹一個相對方便一點的讀入數據方式，數據按照以上格式準備好，然后全選，右擊選擇復制，接下來打開R語言運行如下命令

df1<-read.table("clipboard",header=T,sep="\t")

 

這樣就把數據讀進來存儲到df1里了

 簡單的散點圖

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()

 

 

 對y軸的值進行log10轉化，有兩種方式

• 第一種是直接對y進行log10，如下

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,
               y=log10(Cumultative.relative.abundance)))+
  geom_point()

 

• 第二種是疊加     scale_y_log10()函數

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()

 

 

這兩種方法大家可以觀察一下結果圖

 接下來就是添加文字標簽

可以使用geom_text()或者geom_label()函數，geom_label()函數默認在文字外面有一個邊框

p1<-ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_text(aes(label=text_label))
p1

 

 

如果用geom_label()函數的話是如下效果

p2<-ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_label(aes(label=text_label))
p2

 

 

這是因為即使沒有文字，geom_label()也會在對應的位置添加文字邊框

 添加文字標簽的時候與對應的點有些重疊，可以選擇出圖后手動調整，也可以選擇另外一個R包ggrepel里的geom_text_repel()函數,它可以自動調整文字標簽和點的位置

library(ggrepel)

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_text_repel(aes(label=text_label))

 

 

這樣效果好像也不是太好，還是出圖后手動調整吧！

 接下來是簡單的美化，包括

• 去掉灰色背景
• 更改y軸默認的刻度分隔點，現在是100,1000,10000，三個分隔，把它改成100,10000兩個分隔

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10(breaks=c(100,10000),
                labels=c(100,10000))+
  geom_text_repel(aes(label=text_label))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())

 

關于如何使用R語言ggplot2畫散點圖問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注創新互聯行業資訊頻道了解更多相關知識。

文章名稱：如何使用R語言ggplot2畫散點圖
文章出自：http://m.jcarcd.cn/article/isgjhs.html