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GEO是一個國際化的開源項目，允許研究者提交自己的數據到該數據庫，在世界范圍內公開共享自己的數據，
該數據庫最開始主要用于分享芯片數據，后來隨著NGS技術的發展，也支持上傳高通量測序數據。
在該數據庫中，將所有相關信息分成以下幾類，示意如下
芯片平臺或者測序平臺，每個平臺有一個唯一的以GPL開頭的編號，高通量測序平臺，示意如下
由測序儀和物種的組合構成了不同的platforn,芯片平臺示意如下
芯片平臺會給出探針相關信息，比如對應的基因，探針序列等，示意如下
sample代表的是一個樣本的數據，可以是任意platform產生的數據，有一個唯一的以GSM開頭的編號，對于芯片數據，會給出探針的表達量值，示意如下
對于高通量測序數據，根據數據類型會給出不同種類的文件，如果原始的測序數據有上傳到SRA數據庫，也會給出對應SRA編號，示意如下
series代表屬于同一個實驗設計的一組樣本，通常情況下會給出該系列下所有樣本的附件文件的壓縮包，示意如下
以上這3種信息由數據的提交者提供，對于同一個series下的原始數據，GEO會對其進行簡單的挖掘，比如基于表達量進行聚類分析等，這些分析的結果對應的類型為DataSet, 有一個唯一的以GDS開頭的編號，GDS2225示意如下
基于GSE3541的數據得到，該數據是一套大鼠的芯片數據，樣本分為case和control兩組，每組3重復，基于表達量的聚類結果示意如下
根據DataSet中提供的表達譜數據，對于每個探針或者基因在所有樣本中表達量進行探究，就得到了Profile數據，示意如下
數據共享使得基于公共數據庫的數據挖掘成為可能，也可以通過分析已有的同種類型數據來和自己的測序數據相互印證。
上述就是小編為大家分享的GEO數據庫架構的原理是什么了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注創新互聯行業資訊頻道。
