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這篇文章將為大家詳細講解有關STRING數據庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
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研究蛋白之間的相互作用網絡，有助于挖掘核心的調控基因，目前已經有很多的蛋白質相互作用的數據庫，而string絕對是其中覆蓋的物種最多，相互作用信息做大的一個，網址如下
https://string-db.org/
該數據庫的最新版本為version 10.5, 更新于2017年5月14號，存儲了2031個物種，9643763種蛋白，共1380838440個相互作用的信息。
通過官網提供的SEARCH功能，可以方便的檢索該數據庫，示意圖如下
可以利用蛋白的名稱，序列等多種格式進行檢索，需要注意的是，這里雖然顯示的是按照蛋白名稱檢索，其實你輸入基因sysmbol 也是可以的。
對于單個蛋白進行檢索，會給出于該蛋白相互作用的所有蛋白構成的網絡，該功能更適用于對某個蛋白的相互作用進行探究，而一次輸入多個蛋白，只會給出輸入的蛋白之間的相互作用網絡，更適用于挖掘輸入的蛋白之間的相互作用，比如輸入轉錄組數據鑒定到的所有差異基因，分析這些差異基因之間的相互作用。
檢索完成之后，會得到如下所示的結果
上述的網絡我們就稱之為蛋白質相互作用網絡，protein-protein interaction network, 即PPI網絡。要看懂上面這張圖，需要理解以下兩個方面
圖中每個節點表示一個蛋白，由于真核生物的可變剪切和轉錄后修飾，1個蛋白編碼基因可能會產生多個蛋白，這里將由同一個基因產生的不同isoform進行了合并，在節點上標記的字母實際為對應基因的gene symbol。
圖中有些節點內部有螺旋狀的結構，這表示該蛋白的三維結構已知，如果未知的話，節點內部為空。
默認情況下節點的顏色分成紅色和白色，紅色代表是你的查詢蛋白，白色代表與查詢蛋白具有相互作用關系的其他蛋白。由于白色不太好看，string會根據與相互作用的score值對顏色進行映射。在Legend頁面，可以看到每個蛋白的顏色和對應的score值，示意圖如下
節點之間的連線表示兩個蛋白之間的相互作用，不同顏色對應不同的相互作用類型，示意如下
從圖中可以看到，兩個蛋白之間的連線不止一條，這表示兩個蛋白間存在多種相互作用關系。所有的相互關系中，既有實驗驗證的，也有數據預測的結果，所以看上去連線很多，非常復雜，這個可以通過結果頁面的Settings進行設置，只展示你感興趣的相互作用類型，示意圖如下
在Analysis頁面，對于蛋白質相互作用網絡中的基因，提供了GO和KEGG富集分析的結果，示意如下
在Exports頁面，可以導出相互作用網絡的圖片，支持PNG, SVG格式，也可以導出對應的相互作用表格和蛋白序列，注釋等信息，示意如下
對于一個包含許多節點的蛋白質相互網絡，還可以通過Cluster頁面來挖掘其中的子網sub network， 或者也可以稱之為module, 本質上是對基因進行聚類，屬于同一類的基因所構成的相互作用網絡就是一個module, 示意如下
支持kmeans和MCL聚類，聚類的結果為TSV格式，從中可以看出哪些基因屬于同一類。
STRING數據庫提供了下載功能，由于整個數據庫非常大，所以可以選擇一個物種，然后下載該物種對應的數據，示意如下
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