本篇內容主要講解“如何使用WebLogo可視化motif”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“如何使用WebLogo可視化motif”吧!

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WebLogo是一款經典的motif可視化軟件，在很多的文章中都提到了使用該軟件繪制motif的sequence logo。作為一個在線工具，其操作簡單，易于使用，網址如下

http://weblogo.threeplusone.com/

只需要上傳序列的多序列比對結果即可， 以下圖中的bing sites的序列為例

1. 上傳多序列比對結果

點擊create菜單，上傳fasta格式的多序列比對結果

示例中的多序列比對結果如下

>binding_site1
CCCATTGTTCTC
>binding_site2
TTTCTGGTTCTC
>binding_site3
TCAATTGTTTAG
>binding_site4
CTCATTGTTGTC
>binding_site5
TCCATTGTTCTC
>binding_site6
CCTATTGTTCTC
>binding_site7
TCCATTGTTCGT
>binding_site8
CCAATTGTTTTG

2. 調整參數設置

分為了兩個部分，第一部分主要調整輸出文件的格式，示意如下

可以設置標題，輸出文件的格式，支持PNG,PDF,SVG,JPEG等多種格式。對于輸入的序列類型會自動進行判斷，支持dan, rna, protein3種序列。

第二部分主要調整圖片上顯示的內容，示意如下

一般情況下，都需要把error bar和version信息去掉。這部分最主要調整的是配色，對于DNA和RNA, 內置的配色如下

對于蛋白質序列，內置的配色如下

設置調整好之后，點擊Create WebLogo即可。示例中的DNA序列，采用classic配色，結果如下

webLogo還有對應的命令行版本，可以本地運行，基本用法如下

weblogo --format PNG < cap.fa > cap.png

更多參數和細節請參考官網的幫助文檔。

到此，相信大家對“如何使用WebLogo可視化motif”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創新互聯網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！

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