cat:從第一行開始顯示文本內(nèi)容(適用于內(nèi)容較少的)
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tac:從最后一行開始顯示,是 cat 的逆順序
more:一頁一頁的顯示文本內(nèi)容(適用于內(nèi)容較多的)
less:與 more 類似,但是比 more 更好的是,它可以往前翻頁!
head:只看文本的前面幾行
tail:只看文本的后面幾行
nl:顯示文本內(nèi)容與行號
常用的7個Linux文件內(nèi)容查看命令:
1.cat由第一行開始顯示文件內(nèi)容
用法:
cat-A 相當于-vET的整合選項,可列出一些特殊字符而不是空白;
cat-b 列出行號,僅針對非空白行做行號顯示,空白行不標行號;
cat-E 將結(jié)尾的斷行字節(jié)$顯示出來;
cat-n 列印出行號,連同空白行也會有行號,與-b的選項不同;
cat-T 將[tab]按鍵以^I顯示出來;
cat-v 列出一些看不出來的特殊字符;
2.tac 由最后一行開始顯示文件內(nèi)容
tac-b 在行前而非行尾添加分隔標志;
tac-r 將分隔標志視作正則表達式來解析;
tac-s 使用指定字符串代替換行作為分隔標志;
3.nl 顯示行號
nl-b a 無論是否為空行,均列出行號;
nl-b t 空行不列出行號;
nl-n ln 行號在熒幕的最左方顯示;
nl-n rn 行號在自己欄位的最右方顯示,且不加0;
nl-n rz 行號在自己欄位的最右方顯示,且加0;
nl-w 行號欄位的占用的位數(shù);
4.more 一頁一頁的顯示文件內(nèi)容
在more程序運行過程中,可以按以下鍵:
空白鍵(space):代表向下翻一頁;
Enter:代表向下翻『一行』;
/字串:代表在這個顯示的內(nèi)容當中,向下搜尋『字串』這個關(guān)鍵字;
:f:立刻顯示出檔名以及目前顯示的行數(shù);
q:代表立刻離開more,不再顯示該文件內(nèi)容。
b或[ctrl]-b:代表往回翻頁,不過這動作只對文件有用,對管線無用。
5.less與more類似,但是比more更好的是,他可以往前翻頁
less運行時可以輸入的命令有:
空白鍵:向下翻動一頁;
[pagedown]:向下翻動一頁;
[pageup]:向上翻動一頁;
/字串:向下搜尋『字串』的功能;
?字串:向上搜尋『字串』的功能;
n:重復(fù)前一個搜尋(與/或?有關(guān)!);
N:反向的重復(fù)前一個搜尋(與/或?有關(guān)!);
q:離開less這個程序;
6.head 顯示前幾行
語法:
head-n 后面接數(shù)字,代表顯示行數(shù);
7.tail 顯示后幾行
tail-n 后面接數(shù)字,代表顯示行數(shù);
tail-f 表示持續(xù)偵測后面所接的檔名,要等到按下[ctrl]-c才會結(jié)束tail的偵測;
在命令行里顯示文本文件內(nèi)容:
cat:在命令行里顯示文本文件內(nèi)容,可以滾屏的(但是不方便把內(nèi)容輸出到其他文件,所以一般腳本內(nèi)部都用cat,less可以在調(diào)用腳本的時候用)。
less:在命令行里編輯文本文件。
vi:在圖形界面打開文本文件。
gedit,kate等等:在圖形界面打開任意文件或者url(gnome)。
命令作用
grep、fgrep和egrep命令這組命令以指定模式搜索文件,并通知用戶在什么文件中搜索到與指定的模式匹配的字符串,并打印出所有包含該字符串的文本行,在該文本行的最前面是該行所在的文件名。grep命令一次只能搜索一個指定的模式;egrep命令檢索擴展的正則表達式(包括表達式組和可選項);fgrep命令檢索固定字符串,它不識別正則表達式,是快速搜索命令。
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令:
通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學習做的筆記)
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號,退出時,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認 10 行 (在R語言里head和tail默認是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對比:less和cat命令顯示文本行號的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進去,但是別的命令不一定會把換行符算進去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時,因為制表符對齊的原因,出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補充小知識 :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history