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這部分文件主要是關于GO詞條的具體功能信息，以及相關的支撐信息，以GAF或GPAD格式儲存。目前對基因的注釋主要有兩種手段：人工注釋和機器注釋。
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如何注釋某個基因的GO，KEGG功能 基因注釋主要基于蛋白序列比對。 將基因的序列與各數據庫進行比對， 得到對應的功能 注釋信息。
對于以上19個物種，只需要安裝對應的org包，clusterProfile就會自動從中獲取GO注釋信息，我們只需要差異基因的列表就可以了，使用起來非常方便。
由于基因芯片具有高通量和高信息量的特性，因此其探針注釋系統是構建基因芯片技術平臺的一個關鍵步驟。
一圖解決疑問。功能路徑是 settingsFile and code TemplatesGo File 。其他文件也一樣。功能路徑是 settingsLive Templates 。使用方法是在編輯窗口中敲擊 lgh （可改），等待提示后按 tab 鍵即可。
1、GO富集分析原理： 有一個term注釋了100個差異表達基因參與了哪個過程，注釋完之后（模式生物都有現成的注釋包，不用我們自己注釋），計算相對于背景它是否顯著集中在某條通路、某一個細胞學定位、某一種生物學功能。
2、例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說明基因表達的改變會導致哪些調控途徑原有功能失調，進而與表型聯系起來。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。
3、KEGG指的是京都基因與基因組百科全書，通常我們使用KEGG中的pathway模塊，將基因映射到某些通路上，了解基因參與生物體中的代謝過程等。
4、盡管多重檢驗的校正可以減少假陽性，但并不能從根本上解決GO（或KEGG）富集的問題。GO富集的根本問題在于一個基因對應的GO term有多個，一個term對應多個gene，同時還有層級關系。
如何注釋某個基因的GO，KEGG功能 基因注釋主要基于蛋白序列比對。 將基因的序列與各數據庫進行比對， 得到對應的功能 注釋信息。
基因組注釋包括以下方面的內容：（1） 重復序列的預測。通過比對已知的重復序列數據庫，找出序列中包含的重復序列，識別類型并轉化為N或者X，統計各種類型重復序列的分布。（2） 編碼基因的預測。
首先打開KEGG搜索界面，如下圖。Search against輸入hsa，PrimaryID 類型選擇“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中輸入要查詢的基因名“GPX1”。
GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表達信息的。這意味著GO分析可以在基因還沒有被表達的情況下就可以確定其功能，而KEGG分析則必須等到基因被表達出來之后才能進行分析。
下面給大家介紹一下如何在Windows下對差異基因進行kegg注釋。
屬性不同 Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開發的一種靜態強類型、編譯型語言。功能：內存安全，GC（垃圾回收），結構形態及 CSP-style 并發計算。
